1 Structural()
   2 
   3 ################
   4 ### fixation ###
   5 ################
   6 
   7 Rubisco:
   8 ## EC 4.1.2.39
   9         x_CO2 + RuBP -> 2 PGA ~
  10 
  11 #################
  12 ### reduction ###
  13 #################
  14 
  15 PGK:    
  16 ## EC 2.7.2.3
  17         PGA + ATP <> BPGA + ADP ~
  18 
  19 GAPDH:
  20 ## EC 1.2.1.13
  21         BPGA + x_NADPH + x_Proton <> x_NADP + GAP + Pi ~
  22 
  23 TPI:
  24 ## EC 5.3.1.1
  25         GAP <> DHAP  ~
  26 
  27 ####################
  28 ### regeneration ###
  29 ####################
  30 
  31 Ald1:
  32 ## EC 4.1.2.13
  33         DHAP + GAP <>  FBP ~
  34 
  35 FBPase:
  36 ## EC 3.1.3.11
  37         FBP -> F6P + Pi ~
  38 
  39 TKL1:
  40 ## EC 2.2.1.1
  41         F6P + GAP <> E4P + X5P ~
  42 
  43 Ald2:
  44 ## EC 4.1.2.13
  45         E4P + DHAP <> SBP ~
  46 
  47 SBPase:
  48 ## EC 3.1.3.37
  49         SBP -> S7P + Pi ~
  50 
  51 TKL2:
  52 ## EC 2.2.1.1
  53         GAP + S7P <> X5P + R5P ~ 
  54 
  55 R5Piso:
  56 ## EC 5.3.1.6
  57         R5P <> Ru5P ~
  58 
  59 X5Piso:
  60 ## EC 5.1.3.1
  61         X5P <> Ru5P ~
  62 
  63 Ru5Pk:
  64 ## EC 2.7.1.19
  65         Ru5P + ATP -> RuBP + ADP ~
  66 
  67 #####################
  68 ### starch branch ###
  69 #####################
  70 
  71 PGI:
  72 ## EC 5.3.1.9
  73         F6P <> G6P ~
  74 
  75 PGM:
  76 ## EC 5.4.2.2
  77         G6P <> G1P ~ 
  78 
  79 StSynth:                                
  80 ## AGPase (EC 2.7.7.27) merged with StSynth (EC 2.4.1.21)
  81         G1P + ATP -> x_Starch + ADP + 2 Pi ~
  82 
  83 StPase:
  84 ## EC 2.4.1.1
  85         x_Starch + Pi <> G1P ~
  86 
  87 #############################################
  88 ### transport across chloroplast membrane ###
  89 #############################################
  90 
  91 TPT_PGA:
  92         PGA + x_Pi -> Pi + x_PGA ~
  93 
  94 TPT_GAP:
  95         GAP + x_Pi -> Pi + x_GAP ~
  96 
  97 TPT_DHAP:
  98         DHAP + x_Pi -> Pi + x_DHAP ~
  99 
 100 #######################
 101 ### light reactions ###
 102 #######################
 103 
 104 LReac:
 105         ADP + Pi -> ATP ~
 106 
 107 ###########################################
 108 ### Oxidative Pentose Phosphate Pathway ###
 109 ###########################################
 110 
 111 Oxid:
 112     G6P + 2 x_NADP -> 2 x_NADPH + R5P + x_CO2
 113     ~
 114 
 115 TAL:
 116     E4P + F6P <> S7P + GAP
 117     ~